La chiesa venne fondata nel 1624 assieme al convento di clausura delle Clarisse, grazie al lascito testamentario del mondainese Bernardino Carboni. La struttura incorpora un già esistente ospedale per pellegrini della fine del Duecento, di cui resta un affresco rappresentante la Madonna del Latte del XIV secolo ed evidenti tracce architettoniche nella parte bassa dell’edificio.